公司章程的修改属于公司重大事项，《公司法》规定了严格的程序。通常，有限责任公司修改章程需经代表三分之二以上表决权的股东通过；股份有限公司则需经出席股东大会的股东所持表决权的三分之二以上通过。

若未按此程序，比如未达到法定表决权比例就修改章程，即便股东会做出了修改决议，该决议也可能被认定为可撤销或无效。股东可自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销该决议；若决议内容违反法律、行政法规，法院会认定决议无效。所以，股东会修改章程必须严格遵循法定程序，否则不具备法律效力。
若股东会修改公司章程程序不合法，股东可采取以下措施维护权益：

决议效力确认之诉：依据《公司法》，程序违法的股东会决议可被认定为可撤销。股东可自决议作出之日起六十日内，向法院提起撤销之诉。法院审查后，若确认程序违法，会撤销该决议。

要求公司纠正：股东可要求公司重新按照合法程序召开股东会对章程修改事项进行审议和表决，严格遵循《公司法》及公司章程规定的通知时间、表决方式等程序。

追究相关人员责任：若因程序违法给公司或股东造成损失，相关责任人员需承担赔偿责任。股东可通过协商或诉讼要求责任人员赔偿损失。