企业内部承包合同纠纷通常适用《民法典》关于诉讼时效的规定。一般诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。 若在这三年期间，存在权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或者申请仲裁等情形，诉讼时效会中断，从中断时起，诉讼时效期间重新计算。另外，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。所以，企业遇到内部承包合同纠纷，应及时关注诉讼时效，在时效期间内积极维护自身权益。

企业内部承包发生工伤，处理方式如下： 首先，依据《工伤保险条例》，职工因工作遭受事故伤害，所在单位应自事故伤害发生之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。若单位未申请，工伤职工或其近亲属、工会组织可在1年内提出申请。 其次，即便企业实行内部承包，只要是在工作时间、工作场所内，因工作原因受到事故伤害等符合工伤认定情形的，都应认定为工伤。企业不能以内部承包为由推脱工伤责任，承包方和发包方通常要承担连带赔偿责任。 最后，认定为工伤后，职工可按规定享受相应工伤保险待遇。若企业已缴纳工伤保险，大部分费用由工伤保险基金支付；若未缴纳，相关费用由企业承担。